O início da Rede Taxonline ocorreu no final de 2005, a partir de um auxílio concedido pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico – CNPq, pelo Edital CT-BIOTEC/MCT/CNPq nº 021/2005, com nove coleções botânicas e zoológicas no Estado do Paraná. De agosto de 2008 ao final de 2010, a Rede recebeu recursos da Secretaria do Estado da Ciência e Tecnologia para expandir para as Universidades Estaduais de Maringá e Ponta Grossa.

Em 2013, a Rede passou por outro processo de expansão e desde aquele período abriga as coleções de culturas biológicas, incluindo coleções de culturas microbianas, com a criação do primeiro “Centro de Coleções de Culturas Biológicas do Estado do Paraná”. Para o desenvolvimento dessa etapa, foi contemplada com recursos da Fundação Araucária. Ainda, no final de 2013, a Rede passou a fazer parte do Sistema de Informação Sobre a Biodiversidade Brasileira – SIBBR, programa do Ministério da Ciência, Tecnologia, Inovação (MCTI), entrando assim para o Global Biodiversity Facility Information – GBIF, sistema internacional de informatização de coleções.

Durante 14 anos, a Rede vem sendo organizada em termos de infraestrutura e as informações dos acervos vêm sendo colocadas em bancos de dados. Estamos em um momento diferenciado com o início de um programa de qualificação de pessoal e de identificação com validação de grupos taxonômicos em que não há taxonomistas especialistas nas instituições. Abaixo, a linha do tempo com os principais acontecimentos.