As coleções botânicas ou herbários da Rede Taxonline estão entre as melhores do Brasil. São coleções situadas em instituições de ensino superior e no Museu Botânico Municipal de Curitiba. Um dos maiores naturalistas brasileiros, Dr. Gerdt Guenther Hatschbach, referência nacional e internacional em Botânica, é o grande responsável pelo acervo atual do Museu Botânico Municipal de Curitiba (MBM), considerado um dos maiores herbários do Brasil e o maior da flora paranaense. Seu acervo é constituído por uma coleção devidamente identificada, catalogada e conservada, com aproximadamente 430.000 exsicatas, além de coleções de amostras de madeira (xiloteca) e de frutos (carpoteca).

Além do MBM, o Paraná conta com mais onze herbários registrados no Index Herbariorum, totalizando cerca de 700.000 exsicatas, lembrando que não são todos os registros oriundos de municípios paranaenses, pois as coleções também incorporam material proveniente de outras localidades. Os outros dois maiores herbários do Estado são os da Universidade Federal do Paraná (UPCB) e da Universidade Estadual de Londrina (FUEL). Também fazem parte da Taxonline os importantes acervos dos herbários das Universidades Estaduais de Maringá, Ponta Grossa e Universidade Tecnológica Federal do Paraná e da Pontifícia Universidade Católica do Paraná.